Alocén fue fundado durante la Reconquista de la Alcarria. Su nombre parece provenir de la palabra alfoz que significa lugar o paso. Desde la reconquista fue una alquería perteneciente al monasterio de Monsalud, fue donado a este monasterio por Alfonso VIII en 1177. En la edad media, Alocén perteneció a los monjes cistercienses y estaba localizado en la Tierra de Huete. En 1562, los monjes decidieron vender el señorío de Alocén a Don Gaspar Fernández de Parada, caballero de la orden de Santiago, que fue señor de Alocén hasta que el concejo compró su jurisdicción, pasando desde entonces a villa de realengo.

Alocén sufrió las crisis del siglo XVI y las consecuencias de las guerras de Sucesión e Independencia. Ya en el siglo XX, fue clave para su futuro la construcción del embalse de Entrepeñas. En la actualidad, sus habitantes viven del sector servicios, la agricultura y el turismo.