Toda la historia de esta villa va unida a la del resto de los municipios de la llamada Hoya del Infantado. Como parece ser, Salmerón debió de ser ya un núcleo de población bien establecido durante la época musulmana. Sus propios vecinos hacen referencia al origen árabe de la villa. La frontera fue una frontera entre los musulmanes y los cristianos.

Alvar Fáñez de Minaya, primo del Cid fue el responsable de la expulsión de los musulmanes de esta zona. Reconquistada la zona, la villa fue incluida dentro de la Tierra y Común de Huete. Posteriormente, la villa fue vendida a Don Juan Manuel, en este momento, la villa comienza la época de mayor esplendor del pueblo. Con la muerte de Don Juan Manuel, la villa pasa a pertenecer al Infante Don Alfonso. El pueblo se quedaría en esta situación hasta la abolición de los señoríos.